2018年10月，北京大学经济学院、国家发展研究院和新结构经济学研究院达成框架合作协议，约定采用轮流主持的方式共同举办工作坊，正式建立了科研领域的交流创新合作机制。2019年，根据协议，先后启动了七个工作坊：政治经济学工作坊；国际经济学与实证产业组织工作坊；宏观经济学工作坊；微观理论经济学工作坊；计量、金融和大数据分析工作坊；劳动-健康经济学工作坊和发展与公共财政工作坊。
2021年伊始，北大经济学院继续扩大工作坊规模、扩展合作范围，与光华管理学院、清华大学社会科学学院等共同举办了“经济史”工作坊；与国家发展研究院、现代农学院共同举办了“生态、环境与气候变化经济学”工作坊；打破高校间壁垒，与清华大学经济管理学院、中国人民大学财政金融学院共同举办了“风险、保险与不确定性经济学”三校联合工作坊。2022年下半学期，北京大学经济学院与全球健康发展研究院合力打造了“经院-全健院健康与劳动经济学工作坊”。2023年9月新增“行为与实验经济学工作坊”，10月新增“数字经济工作坊”，目前学院共有12个工作坊开展活动。
截止2023年底，工作坊共举办了811场活动，其中2019年举办了127场活动，2020年举办了82场活动，2021年举办了204场活动，2022年举办了173场活动，2023年举办了225场活动。这些活动为广大师生提供了良好的国内外一流学术交流平台，促进了学院之间的学术资源整合和人才培养，提升了广大师生和经济学领域的研究水平。
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